La scoperta di un’urna cineraria del III secolo d.C. con un’iscrizione latina (oggi conservata nella Basilica di Santa Margherita) ha avvalorato l’ipotesi, tuttavia non dimostrata ufficialmente, di un’insediamento in epoca romana. Devastato da Rotari nel 641, il borgo originario, abitato soprattutto da pescatori e denominato proprio Pescino, subì sino al X Secolo numerose incursioni saracene: successivamente divenne feudo della famiglia Fieschi, sino al 1229, quando venne sottomesso a Genova.
Dal Medioevo in poi risulta che l’abitato era diviso in due borgate principali, Pescino e Corte, spesso divise da vivacissime lotte: entrambe vennero dapprima comprese nel Capitanato di Rapallo, quindi, nel 1797, ottennero amministrazioni proprie.
Nel 1813, sotto il dominio di Napoleone Bonaparte, le due borgate vennero unificate con il nome di Porto Napoleone: due anni più tardi, nel 1815, con l’annessione della Liguria al Regno di Sardegna, venne costituito il Comune di Santa Margherita. Il nome definitivo si ebbe con un Decreto di Vittorio Emanuele II datato 1863.
La città ottenne due stazioni della nascente linea ferroviaria Genova-Sestri Levante: con l’avvento di strada carrozzabile per Portofino e ferrovia a Santa Margherita, iniziò il periodo d’oro della Costa dei Delfini, che vide la costruzione di favolose ville e grandiosi alberghi.
Dopo la Seconda Guerra Mondiale Santa Margherita (denominata la Perla del Tigullio), Portofino e lo splendido borgo di Paraggi diventarono sempre più località turistiche esclusive, ricche di un fascino straordinario che perdura sino ad oggi.